בית ספר אהוד מנור הציב לעצמו מטרה לפתח לומד עצמאי, בעל אחריות אישית ללמידה, מיומנויות למידה ותפיסה אמנותית עשירה זאת לצד הרחבת לימודי המדעים ואיכות הסביבה תוך שילוב טכנולוגיות של המאה ה-21. בית הספר אוהב ומאמין בכל תלמיד ומסייע לו לגלות ולהכיר ביכולותיו ובכישרונותיו האישיים , לפתח אותם ולהביאם לידי ביטוי. לפיכך מיושם בבית הספר מודל פדגוגי ייחודי החותר לפיתוח משאבים חינוכיים המאפשרים תרבות אקדמית המעודדת חקרנות והתנסות לצד חשיבה ביקורתית אחריות אישית וחופש הבחירה. לדוגמה: בחירה בתכניות קרן קר"ב , תכניות ייחודיות בסוף יום הלימודים וכן בחירה בקמפוס המדעים (לכיתות ו ). למידה זו ,המאפשרת בחירה לתלמיד מהווה חדשנות פדגוגית הבאה לידי ביטוי בלמידה חוץ כיתתית ובמרחבי  למידה גמישים, הנותנים מענה למגוון כישורים ויכולות של התלמידים, ולהעמקת לימודי האמנות והמדעים.